反渗透膜清洗系统常规设计是清洗液从压力容器进水端流入，经过膜元件后从压力容器浓水端流出。这个流向与 RO 系统正常运行时是一样的。这种清洗方式通常是常见且有效的。
         但是在某些清洗时发现反向（从压力容器的浓水侧到进水侧）清洗是有益的的。当有严重的生物、胶体、颗粒污染时，污染物能在进水端的首支膜上大量富集。使这些污染物破碎并流过压力容器中的全部膜元件是非常难的。但在多数情况下，清洗液从反向流入能更容易洗脱污染物。
         需要注意的是，任何时候都不能从产水侧进行反向清洗反渗透膜膜元件，这会造成膜元件背压，使反渗透膜元件受到不可逆转的损害 。而且，并不是所有的反渗透系统都可以简单地改造成可以反向清洗流量。最好的方案是在系统建造时，就设计成可以从任意方向清洗。请注意要求的是双向清洗，不能仅设计成反向清洗系统。

       反渗透膜反向清洗有一些注意事项：
       一、去除末端结垢
       如果有结垢存在，建议采用常规（正向）方向清洗。当难溶盐析出并沉积在膜系统末端时，就产生结垢。在做反向清洗前，这些盐必须被去除掉。结垢的盐晶体边缘非常锋利，能损伤膜表面。因此如果晶体没有先去除，反向清洗可能比常规清洗造成更严重的损害。
       二、清洗流量限值
       在常规方向清洗时，末端 RO 膜元件受到止推环的支撑保护，不会受到挤压变形。但是反向清洗时首支膜不会有止推环保护。因此，我们建议清洗时限制清洗流量。8 英寸膜元件常规清洗流量为132~151L/min，我们建议反向清洗流量限制在常规清洗流量的2/3，也就是 88~101L/min。如果压差很高污染很严重时，清洗流量降至 1/3 即 44~50L/min 来降低膜元件变形可能性。开始清洗时应先采用较低流量，然后根据实际压差值再缓慢提高。当污染物脱除且压差降低时，流量才能缓慢提高。