常见的反渗透的冲洗设计一般是从压力容器进水端流入，经过膜元件后从压力容器浓水端流出，这个流向与反渗透系统正常运行时是一样的。反渗透的反向冲洗指的是由浓水端向进水端方向进行冲洗的过程， 反向冲洗有助于去除反渗透系统的前端污染物，采用此方法进行冲洗反渗透膜元件受到的污染更小；当有颗粒物（细砂、活性炭）时，必须采用此方法，以免反渗透膜表面被划伤。需要注意的是任何时候严禁由产水端向进水端进行冲洗，这会造成反渗透膜元件背压，使反渗透膜元件受到不可逆转的损害。

随着膜材料、制膜方法以及膜应用的不断发展，反渗透膜已经逐渐成为膜分离技术大家族的重要成员，被广泛认为最有效和经济的分离过程之一。反渗透能阻挡所有溶解性盐及分子量大于100 的有机物，但允许水分子透过。醋酸纤维素反渗透膜脱盐率一般可大于95%，反渗透复合膜脱盐率一般大于98%。

反渗透膜元件在使用一定时间后，仍然避免不了需要进行更换。何时需要更换反渗透膜元件取决于不同现场的要求，当反渗透膜元件出现膜性能的下降、物理破损和化学劣化等故障时，反渗透膜元件就需要进行更换

当反渗透膜元件受到污染时，往往通过清洗来恢复反渗透膜元件的性能。清洗的方式一般有物理清洗（冲洗）和化学清洗（药品清洗）。

为了保证EDI装置的产水水质，EDI装置的进水水质、温度必须控制在规定的范围之内，同时电流、电压也不宜过大或过小，否则系统将无法制取出高品质的纯水。

当停运反渗透系统时，必须用产水或高品质的进水冲洗整个膜系统，以便将高含盐量的浓水从压力容器和膜元件内置换掉，直到浓水出水电导接近进水电导。当系统必须停运48 小时以上时，必须防止膜元件干燥、微生物滋生和避免受极端温度影响。