反渗透系统会随着使用周期的延长逐渐出现污堵：诸如压力的上升，压差的上升，产水水质的恶化-脱盐率下降，以及产水流量的下降等。反渗透系统的性能需要依靠化学清洗来恢复。因此化学清洗的效果直接影响到膜元件本身性能的恢复以及能否长期有效满足运行条件。而影响清洗的效果取决于清洗方法的选择。

铝合金轮毂一般采取涂装和电镀两种生产工艺对轮毂进行表面处理，生产废水主要来源于轮毂涂装碱洗工序的碱性废水和电镀生产线的酸性废水、含锌含铜废水、含铬废水和含镍废水。由于铝合金轮毂生产废水种类较多，污染物成份复杂，因此，采取了分流收集、分类处理的方法，先将各类生产废水预处理后，再进行综合处理或回用。

废水中的微生物在进入废水回用系统会在反渗透膜表面沉降、凝结形成一层生物膜，导致原水和浓水之间的压差增加、系统脱盐率下降。反渗透膜的微生物污染重在反渗透前面的设备和管道防治，采用消毒灭菌的方法去微生物并防止其增殖，常用的方法有紫外线杀菌和药品杀菌。

在废水回用系统中，由于废水中含有大量的微生物，反渗透系统运行3~5 天就会出生物膜，生物污染会形成富集其它腐殖质的基础条件并导致更为严重的问题，此时受污染的反渗透膜系统产水量下降，运行压力增加，脱盐率降低，当上述任一症状出现时，就应怀疑出现了微生物污染。此时应使用杀菌消毒剂，尝试“再生”膜系统。

废水深度处理和回用工程多采用预处理和双膜组合工艺， 超滤膜具有优异的出水水质、更小的占地面积、更低的能耗、更简单的操作管理等特点，确保反渗透等后续设备的长期安全稳定运行，在废水的深度处理和回用工程中已得到了广泛的应用与推广。

在废水回用中，由于废水中的氧化剂（如高锰酸钾、六价铬）或使用氧化性杀菌剂（如次氯酸钠溶液）控制微生物污染，如果这些氧化性物质未经处理进入反渗透系统，会对反渗透膜表面的芳香族聚酰胺分离层造成氧化，导致反渗透膜元件性能不可恢复的大幅降低，主要表现是脱盐率降低和产水量增加，通常前端的膜元件较其他位置更易受到影响，中性或碱性pH条件下氧化对膜的伤害更大。