在废水回用系统中，由于废水中含有大量的微生物，反渗透系统运行3~5 天就会出生物膜，生物污染会形成富集其它腐殖质的基础条件并导致更为严重的问题，此时受污染的反渗透膜系统产水量下降，运行压力增加，脱盐率降低，当上述任一症状出现时，就应怀疑出现了微生物污染。也可以打开被污染的膜壳，如果发生微生物污染，会发现膜壳内壁和受污染的膜，用手触摸微生物有一种滑腻的感觉，并常常伴随着恶臭。微生物污染是膜系统最常见的问题，且常常伴随着有机物污染。当反渗透系统发生微生物污染时，需要对反渗透系统进行清洗和消毒，不仅仅是对膜装置本身，而且包括被微生物污染了的预处理部分。值得注意的是，找到微生物滋生的源头，并且采用有效的措施优化预处理，对于根治微生物污染有决定性的意义，否则反渗透系统运行会迅速再次出现微生物污染。

         在生物活动旺盛期（夏季），反渗透系统最常规的消毒频率为每3~5 天一次，在生物活动非旺盛期（冬季），大约每7 天一次，最佳的消毒频率应根据每个系统的实际情况而定，有两种消毒方法可供选择，短暂或连续加药。

       当短暂加药时，使用杀菌消毒剂的量取决于微生物污染的严重程度，生物活动低的水源，每5 天加入10~30ppm 的活性成份30 分钟到3 小时处理。如果水中含100CFU/ml（菌落总数/毫升）或已经确诊为存在生物膜污染时，建议投加方式为连续3 小时30ppm。当水中含有还原剂时，需投加更高浓度的杀菌消毒剂，每1ppm 残留还原剂要添加1ppm 有效杀菌消毒剂。为了清除杀死的生物膜，建议使用碱性清洗剂。由于杀菌剂、杀菌剂的分解产物和杀菌剂配方中的其它成份并不能被膜所完全脱除，因此在投加杀菌消毒剂期间，可能需要将产水排放掉不要。

       一旦系统消除了严重的生物膜污染之后，必须采取连续的防范措施，建议连续投加0.5~1.0ppm 的有效杀菌消毒剂，加药量可根据生物活动的程度的高低作相应调整，按照这种模式使用杀菌消毒剂，就可以在膜系统内将细菌数量控制在零含量。

       对反渗透膜杀菌消毒剂的要求：
       ■ 与膜兼容；
       ■ 能发挥较快的消毒作用；
       ■ 成本较低；
       ■ 有易于运输，贮存和操作及稳定的特点；
       ■ 不应透过膜进入产水中；
       ■ 有广谱杀菌作用能力；
       ■ 可生物降解；
       ■ 符合当前和未来的各种法规。

       值得注意的是，虽然杀菌消毒剂（DBNPA） 是非氧化性药剂，但当其浓度<0.5ppm 或>3ppm 时，它会在ORP 上大约会有+400mV 的响应值，而每1ppm 的氧化性氯和溴在ORP 上的响应值是+700mV，还会随浓度增加而增加响应值。