当停运反渗透系统时，必须用产水或高品质的进水冲洗整个膜系统，以便将高含盐量的浓水从压力容器和膜元件内置换掉，直到浓水出水电导接近进水电导。低压冲洗进水中不应含有用于预处理的化学药品，尤其不能含有阻垢剂，因此，冲洗前应停止加药（冲洗采用预处理产水时，为了预处理产水合格，仍需投加降低SDI，脱除余氯等氧化剂的化学药品），冲洗结束之后，应完全关闭进水阀，如果浓水排放口低于压力容器，应在高于压力容器的浓水管线上，引入空气破坏虹吸作用。
 

       当反渗透系统必须停运48 小时以上时，必须防止反渗透膜元件干燥、微生物滋生和避免受极端温度影响。长期停运的反渗透膜元件应在停用前进行化学清洗，当已知膜有污染或怀疑有污染的情况时这一步骤更加重要。

       一、短期停运
       当停止运行5-30天时，反渗透膜元件仍安装在系统的压力容器内，反渗透系统的停运保护的具体步骤如下：
       ● 给水冲洗反渗透系统，同时注意将气体从系统中完全排除。采用膜系统产水冲洗膜系统会有助于防止污染；
       ● 将压力容器及相关管路充满水后，关闭相关阀门，防止气体进入反渗透系统；
       ● 每隔5天按上述方法冲洗一次。

       二、长期停运
       当停止运行30天以上时，反渗透膜元件仍安装在系统的压力容器内，反渗透系统的停运保护的具体步骤如下：
       ● 对反渗透膜元件进行化学清洗；
       ● 采用反渗透系统产水配制合适的保护液（1-1.5%(wt)食品级亚硫酸氢钠SMBS），并循环冲洗反渗透膜系统。建议采用溢流技术，通过循环SMBS溶液，使系统内的残留空气最少，才算完成循环；
       ● 当保护液完全充满反渗透系统时，关闭阀门和泵使保护液保留在反渗透系统中，以防止空气与保护液接触而氧化SMBS；
       ● 每周检查一次保护液pH 值，当pH 低于3 时，应更换保护液；
       ● 如果温度低于27℃，应每隔30天用新的杀菌剂进行2-3步的操作；如果温度高于27℃，则应每隔15天更换一次保护液；
       ● 在反渗透系统重新投入使用前，用低压给水冲洗反渗透系统1小时，然后再用高压给水冲洗系统5-10分钟。无论低压冲洗还是高压冲洗时，反渗透系统的产水排放阀应全部打开。在恢复系统至正常操作前，应检查并确认产水中不含有任何保护液。

       在反渗透系统停运期间，必须防止膜元件结冰，最高温度不可超过45℃，满足上述条件时，保存环境温度越低越好。