常见的反渗透的冲洗设计一般是从压力容器进水端流入，经过膜元件后从压力容器浓水端流出，这个流向与反渗透系统正常运行时是一样的。反渗透的反向冲洗指的是由浓水端向进水端方向进行冲洗的过程， 反向冲洗有助于去除反渗透系统的前端污染物，采用此方法进行冲洗反渗透膜元件受到的污染更小；当有颗粒物（细砂、活性炭）时，必须采用此方法，以免反渗透膜表面被划伤。需要注意的是任何时候严禁由产水端向进水端进行冲洗，这会造成反渗透膜元件背压，使反渗透膜元件受到不可逆转的损害。       如果反渗透系统需要进行反向冲洗，最好的方案是在系统建设时，就设计成可以从正向和反向冲洗，而不是仅仅设计成反向冲洗。