反渗透膜系统在停运48小时以上时，必须进行保存处理，以防止微生物的生长。在停运期间，必须防止反渗透膜系统结冰，最高温度不超过45℃，满足保存条件时，保存温度越低越好。
 
       一、短期保存
       短期保存的方法适用于那些停止运行5~30天的反渗透膜系统，此时反渗透膜元件仍然安装在系统的压力容器内。保存操作的具体步骤如下：
       1．进水冲洗反渗透膜系统，同时将气体从系统中完全排除。采用反渗透膜系统产水冲洗可有助于防止污染；
       2．将压力容器及相关管路充满水后，关闭相关阀门，防止空气进入系统；
       3．每隔5天按上述方法冲洗一次。
 
       二、长期停用保存
       长期停用保存方法适用于停止使用30天以上，反渗透膜元件仍安装在系统的压力容器内的情况。保存的具体步骤如下：
       1．对反渗透膜元件进行化学清洗；
       2．采用反渗透膜系统产水配制合适的杀菌液（一般采用亚硫酸氢钠），并冲洗反渗透膜系统；
       3．当杀菌液充满反渗透膜系统后，关闭阀门和泵使杀菌液保留于反渗透膜系统中，此时应确认系统完全充满；
       4．如果温度低于27℃，应每隔30天用新的杀菌液重新进行2~3步操作；如果温度高于27℃，应每隔15天更换一次杀菌液；
       5．在反渗透膜系统重新投入运行前，用进水低压冲洗反渗透膜系统1小时，然后再用进水高压冲洗系统5~10分钟，无论低压冲洗还是高压冲洗时，系统的产水排放阀均应全部打开。在恢复系统至正常运行前，应检查并确认产水中没有残留杀菌剂。