废水中的微生物在进入废水回用系统会在反渗透膜表面沉降、凝结形成一层生物膜，导致原水和浓水之间的压差增加、系统脱盐率下降。反渗透膜的微生物污染重在反渗透前面的设备和管道防治，采用消毒灭菌的方法去微生物并防止其增殖，常用的方法有紫外线杀菌和药品杀菌。

在废水回用系统中，由于废水中含有大量的微生物，反渗透系统运行3~5 天就会出生物膜，生物污染会形成富集其它腐殖质的基础条件并导致更为严重的问题，此时受污染的反渗透膜系统产水量下降，运行压力增加，脱盐率降低，当上述任一症状出现时，就应怀疑出现了微生物污染。此时应使用杀菌消毒剂，尝试“再生”膜系统。

废水深度处理和回用工程多采用预处理和双膜组合工艺， 超滤膜具有优异的出水水质、更小的占地面积、更低的能耗、更简单的操作管理等特点，确保反渗透等后续设备的长期安全稳定运行，在废水的深度处理和回用工程中已得到了广泛的应用与推广。

在废水回用中，由于废水中的氧化剂（如高锰酸钾、六价铬）或使用氧化性杀菌剂（如次氯酸钠溶液）控制微生物污染，如果这些氧化性物质未经处理进入反渗透系统，会对反渗透膜表面的芳香族聚酰胺分离层造成氧化，导致反渗透膜元件性能不可恢复的大幅降低，主要表现是脱盐率降低和产水量增加，通常前端的膜元件较其他位置更易受到影响，中性或碱性pH条件下氧化对膜的伤害更大。

根据电镀生产工艺可将电镀废水分为镀件清洗水、 碱性除油液、除锈、活化槽废液、老化报废的电镀液、镀槽排出的残液、塑料电镀的粗化液、溶液过滤、退镀液、清洗镀槽、容器洗极板等的洗涤废水、钝化以及除锈、活化等物质、地坪冲洗水等

水通过阴、阳离子树脂层时，水中的阴阳离子被树脂中的H+、OH-离子所交换，阴阳树脂在产水过程中不断地进行离子交换，处理一定的水量后，树脂处于饱和状态，此时离子交换器失效。当判定离子交换器失效后，应立即停运已失效的离子交换器，并及时切换投运备用离子交换器，并对离子交换器进行再生。